長年、広く医療現場で用いられている抗うつ剤や、希少疾病用医薬品の指定を受けたハンチントン病に伴う舞踏運動の治療薬「コレアジン」、気管支喘息やじんま疹などのアレルギー性症状に臨床効果を発揮するアレルギー性疾患治療剤、また中性脂肪の分解を促進する肝臓疾患用剤など、新薬からジェネリック医薬品までさまざまな医薬品を製造・販売しています。また、てんかん重積状態の治療に新たな選択肢を与える抗けいれん剤「ミダフレッサ」（2014年12月発売）、共同開発により承認された抗てんかん薬「サブリル」（2016年7月発売）など、新薬創出にも積極的に取り組んでいます。

いまだ治療法がない疾患や、治療法があるものの治療満足度が低い疾患を対象に、海外で有効な治療薬として承認されている薬剤の国内上市に向けた取り組みを推進しています。そのひとつが、睡眠障害治療薬「モディオダール」です。「モディオダール」は、世界的にも多数の国で承認・販売されている治療薬で、アルフレッサ ファーマは2007年1月にナルコレプシーに伴う日中の過度の眠気の治療薬として、国内初の製造販売承認を取得。その後、対象疾患として睡眠時無呼吸症候群（2011年11月承認）、特発性過眠症（2020年2月承認）を追加し、患者さんのQOL向上に貢献しています。